იაკიზის გაქრისტიანებამ 1609 წელს რელიგიური რელიგიის გავრცელების საშუალება მისცა, სონორას ტერიტორიაზე.
კოლონიის დროს სონორა შეესაბამებოდა მხოლოდ Sierra Madre Occidental- ის ფერდობებს ამ ობიექტის საზღვრებში. რეგიონს, რომელიც მდინარე იაკიდან ჩრდილოეთით გადიოდა, რეალ დე ლა სიენეგილას ჩათვლით, Pimería Baja ეწოდა და ყველაზე ჩრდილოეთით მდებარე რეგიონი მდინარე კოლორადოდან - უკვე ახლანდელი ჩრდილოეთ ამერიკის არიზონას შტატში - ეწოდა პიმერია ალტა.
ახლანდელი სონორანის ტერიტორია ასევე მოიცავს მცირე რეგიონს სამხრეთ-დასავლეთში, იმდროინდელი პიმერიას სახელით, რომელიც მდებარეობს ჩიხუახუასა და ოსტიმურის შტატებში, ადგილი, რომელიც მდებარეობს კალიფორნიის ყურის სანაპიროებზე, მდინარეების მაიოსა და იაკუს შორის.
1614 წელს მისიონერებმა პერეზ დე რივასმა და პედრო მენდესმა მაისელები გაააქტიურეს ოსტიმურის რაიონში, მისია დაყვეს სამ ოლქად: სანტა კრუზი (მაიოს პირას), ნავოხოა და ტესია.
Tepahues შეიქმნა კორნიკარისთან ერთად 1620 წელს. მამა მიგელ გოდინესმა დააფუძნა მისიები სან ანდრეს დე კორნიკარისა და ასუნციონ დე ტეპახუის . იმავე წელს დაარსდა სან-იგნასიოს რექტორატი, რომელიც მოიცავდა ხუთი ხსენებული მისიის გარდა, ბაკიმის, ტორინის და რაჰანის იმ სამსახურებს, რომლებიც იაკის პირას მდებარეობს.
1617 წელს იაკუი მოაქციეს მშობლებმა პერეზ დე რივასმა და ტომაზ ბასილიომ. აჯანყებების, არეულობების, ტანჯვებისა და მკვლელობების მიუხედავად, სონორას მოქცევა უფრო სწრაფი და გამყარებული იყო. მე -17 საუკუნისთვის იეზუიტებმა გააფართოვეს და დააარსეს მაიკობასა და იეკორას მისია სამხრეთ-დასავლეთ ნაწილში, რასაც მათ ჩინნიპას უწოდებდნენ.
მისიები მდინარე იაკიდან ჩრდილოეთით დაყოფილი იყო ოთხ რექტორად: სან ბორჯას ხელმძღვანელობამ დააჯგუფა მისიები: კუკუმარიპა და ტეკორიპა , დაარსდა 1619 წელს; მოვასი და ონოვასი, 1622 წელს; საჰუარიპა 1627 წელს; მატაპე 1629 წელს; 1677 წელს ონაპა და არივეჩი , იაპონიის სამი წმინდა მოწამის რექტორატი, რომელშიც შედიოდნენ ბათუკო, რომელიც დაარსდა 1627 წელს, ოპოსაურა 1640 წელს და ბაკადეგუაჩი , გუაზავები , სანტა მარია ბაკერაკა და სან მიგელ ბავისპე , დაარსდა 1645 წელს. ხოლო სან ხავიერის რექტორატი, რომელიც 1636 წელს აერთიანებს ურესის მისიებს; აკონჩი, ოპოდეპე და ბანამიჩი 1639 წელს; კუკურპე და არიზპი 1648 წელს და კუაკიარაჩი 1655 წელს.
1687 წელს მისიონერი ეუსებიო ფრანცისკო კინო შემოვიდა პიმერია ალტაში და დაიწყო Nuestra Señora de los Dolores- ის რექტორატის მისიების დაარსება: კაბორკა, რომელსაც დანიშნა ფრანსისკო ხავიერ საეტა, რომელიც მის სულიერ მხარდაჭერას აკავშირებს, მამა კინო; ატილი, ტუბუტამა, ჩვენი მწუხარების ქალბატონი დე სარიჩი, პიტიკიტო, აიილი, ოქიტოა, მაგდალინა, სან იგნასიო, კოკოსპერა და იმურისი.
იეზუიტების გაძევების შემდეგ მისიებს სათავეში ჩაუდგნენ ფრანცისკანები, რომლებიც აღარ აშენებდნენ და მხოლოდ არსებული შემონახვის მცდელობით შემოიფარგლებოდნენ. მას შემდეგ, რაც იეზუიტებმა უკვე დააარსეს დასახლებები სინალოასა და სონორაში, მათ კალიფორნიის ტერიტორიას მიაშურეს.
