ამ შორეული მიწების კოლონიზაცია მიღწეული იქნა იეზუიტ მისიონერთა ჯგუფის ურყევი ნებისყოფისა და დაუღალავი შრომის წყალობით, რომლებმაც იცოდნენ, რომ დამპყრობლებმა ვერ შეძლეს აბორიგენების დამორჩილება, გადაწყვიტეს მათთვის სახარება მიეღოთ და ამით მიაღწიეს სიტყვით რა რაც არ იქნა მიღწეული იარაღის საშუალებით.
ამრიგად, XVII საუკუნის ბოლოს, იეზუიტ ეუსებიო კინოს აღფრთოვანებული ინიციატივით, რომელმაც ესპანეთის ხელისუფლებისგან მიიღო ადმირალი ისიდრო ატონდო და ანტილონის ექსპედიციის ნებართვა, მისიონერები მივიდნენ კუნძულზე, მის დაუცხრომელ მკვიდრთა მახარობლობას. ნებართვის მისაცემად, გვირგვინი აყენებს პირობას, რომ დაპყრობა უნდა განხორციელდეს ესპანეთის მეფის სახელით და მისიონერებმა თავად მიიღონ რესურსი ვალდებულების შესასრულებლად.
პირველი მისია, სანტა მარია დე ლორეტო, 1697 წელს დააარსა მამა ხოსე მარია სალვატიერამ, რომელიც ტარაჰუმარაში იმყოფებოდა და რომელსაც მამა კინომ შესთავაზა დიდი საქმის შესრულება. სანტა მარია დე ლორეტო ას წელზე მეტი ხნის განმავლობაში იყო კალიფორნიის პოლიტიკური, ეკონომიკური და რელიგიური დედაქალაქი.
საუკუნის შემდეგი სამი მეოთხედის განმავლობაში, მისიონერებმა დააარსეს თვრამეტი შესანიშნავი ციხესიმაგრე ჯაჭვი, რომლებსაც უკავშირებენ ე.წ. "სამეფო გზას", რომელიც მათ თავად ააშენეს და დააკავშირეს ლოს – კაბოს რეგიონი, ნახევარკუნძულის სამხრეთით, დღევანდელი საზღვრით ჩრდილოეთიდან მეზობელი; ეს შესაძლებელი იყო იმიტომ, რომ მისიონერებში იყვნენ კაპელანები, რომლებსაც მშენებლობისა და ჰიდრავლიკური ინჟინერიის ცოდნა ჰქონდათ.
ამ შესანიშნავი კონსტრუქციების ნაწილი შესანიშნავ მდგომარეობაშია, მაგალითად, სან-იგნასიო, ერთ-ერთი ყველაზე ლამაზი და საუკეთესოდ შემონახული, რომელიც აშენდა მამა ხუან ბაუტისტა ლუიანდომ 1728 წელს; სან-ფრანცისკო ხავიერის, რომელიც დაარსდა 1699 წელს, რომელიც შედგებოდა მოკრძალებული ბეწვის სამლოცველოსა და მღვდლის სახლისგან, რომელიც ააშენა ფრეი ფრანსისკო მარია პიკოლომ; ამჟამინდელი შენობა 1774 წელს მამა მიგელ ბარკომ ააშენა და ულამაზესი არქიტექტურის გამო იგი მიიჩნიეს "Baja California Sur მისიების ძვირფასეულობად"; სანტა როზალია დე მულეგე, რომელიც 1705 წელს დააარსა მამა ხუან მარია ბასალდაამ, ლორეტოს ჩრდილოეთით 117 კილომეტრში, ერთ – ერთი საუკეთესო მდებარეობდა, რადგან იგი ზღვაში ოაზისში აშენდა.
მისიები აერთიანებდა არქიტექტურის სილამაზესა და დეკორაციის სიმდიდრეს პრაქტიკულ გარემოსთან, რაც მათ გარშემო მუდმივი დასახლებების შექმნის საშუალებას აძლევდა. მისიონერებმა არა მხოლოდ ევანგელიზირეს აბორიგენი, არამედ ასწავლეს უდაბნოს ნაყოფიერების გაკეთება ფინიკის პალმებით; მათ დანერგეს პირუტყვი და სიმინდის, ხორბლისა და შაქრის ლერწმის მოყვანა; მათ მოახერხეს, რომ მიწა აწარმოონ ხილის ხეები, როგორიცაა ავოკადო და ლეღვი, და იმისთვის, რომ შეესრულებინათ რელიგიური წესები, რომელსაც ღვინო და ზეთი სჭირდებოდა, მათ მიიღეს ნებართვა ვაზისა და ზეთისხილის ხის გაშენების შესახებ, რაც აკრძალული იყო დანარჩენ ახალ ესპანეთი და ამის წყალობით დღეს ამ რეგიონში შესანიშნავი ღვინოები და ზეითუნის ზეთი მზადდება. და თუ ეს ყველაფერი არ იყო საკმარისი, მათ ასევე შემოიტანეს პირველი ვარდის ბუჩქები, რომლებიც ამ ქვეყნებში ყვაოდა და დღეს მთელი ნახევარკუნძულის პარკებსა და ბაღებს ამშვენებს.
